Sorry, aber ich glaub in den letzten 5 Tagen wurden hier ähnliche Themen eröffnet, da findeste bestimmt was. Ansonsten wie o.g. ein Framework, davon gibt es viele und auch gute (bspw. APF, Zend,...). Wenn du es dann auch noch richtig nutzt, schreibst du auch keinen "schlechten" Code - besonders als Anfänger solltest du es IMHO erstmal auf diese Weise machen.
Zu deinen Fragen:
1) Du weisst nichtmal wovon du redest oder?

2) Je nach dem was du vor hast. Includen ist aber nicht so doll, du solltest sie lieber nur einlesen..Meiner meinung nach gehört HTML auch nicht in die Datenbank - ausser man kann es nicht vermeiden.
3) Kommt auch wieder drauf an wieviele bzw. was du überhaupt mit Einstellungen meinst. Konfigurationen werden gerne per Webinterface geändert - wie gesagt, es kommt darauf an, was man vor hat - und davon hast du nicht ein Wort verloren.
edit: was mir grad auffällt:
"Diskussionen auf Profi-Niveau: PHP Lösungen auf konzeptioneller Ebene" - Titel des Forums.