vor der frage, wie mann am besten eine hompage aufbaut, stand ich auch schon öfter. es gibt keine 'so muss man es machen'-antwort darauf. denn enscheident ist, was soll die seite können. willst du eine kleine seite mit viel grafikaufwand erstellen ist es nicht immer sinnvoll ausschliesslich php und mysql zu benutzen. da mit editoren (z.b. golive) schneller ergebnisse erziehlt werden.
willst du hingegen eine seite machen die du ständig auf den laufenden halten willst oder auch funktionen wie volltextsuche usw. ist es natürlich zu überlegen ob man nicht textinhalte in der datenbank speichert und gleiche layouts mit include einbindet.
ich hab auch sehr lange rumgefeilt bis ich was passendes gefunden habe. habe schon 3 mal mein komplettes konzept überarbeitet

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was ich damit sagen will.
je mehr erfahrung du mit php machst, desto besser wird sich die frage für dich beantworten.
also viel spass mit php