base64_encode()? Ähem! Das ist eine einfache Umwandlung von Zeichenketten in ein base64-Format eben. Genausogut könntest du die Nachricht in den ASCII-Code übersetzen. Damit hast du aber keine Verschlüsselung, denn du benutzt eben garkeinen Schlüssel, sondern eine beliebig und von jedermann umkehrbare Kodierung.
PGP (GPG) ist momentan die beste Wahl, ansonsten bieten dir die mcrypt-Funktionen was du sucht.