<input type="checkbox" name="array[]" value="irgendwas.php">

<input type="checkbox" name="array['lösch_mich.php']" value="aktiv">

foreach($_POST['array'] as $key=>$value){
if($value=="aktiv") unlink($key);
}

<?php
$dir = opendir("./");
echo '<p align="left">';
$zahler= -1;
   while ($file = readdir($dir))
   {
      if ($file !=="." && $file !==".." && $file !=="uploader.php")
      {
		$zahler++;
         echo '<input type="checkbox" name="box[]" value="'.$file.'">'.$file.'';
      }
   }
   closedir($dir);
echo '</p>';
echo '<p align="center">Belegter Speicher: '.$seiz_ges.' MByte</p>';
echo $box[3];
?>

<?php
$dir = opendir("./");
echo '<p align="left">';
$zahler= -1;
   while ($file = readdir($dir))
   {
      if ($file !=="." && $file !==".." && $file !=="uploader.php")
      {
      $zahler++;
         echo "<input type='checkbox' name='box['$file']' value='$file'>$file";
      }
   }
   closedir($dir);
echo '</p>';
echo '<p align="center">Belegter Speicher: '.$seiz_ges.' MByte</p>';
echo $box[3];
?>