@Nicklas:
Wird immer wieder gerne verwechselt:
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Javascript wird auf dem CLIENT interpretiert also beim Besucher Deiner Seiten
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PHP wird vom Server selbst interpretiert (bzw. geparst).
Das musst Du immer im Hinterkopf behalten. Du kannst also (da PHP logischerweise zuerst abgefragt wird) Teile des Javascripts durch PHP-Variablen füllen, aber nicht umgekehrt.
Die Lösung, die Stef nennt, eben ein erneuter Seitenaufruf mit Parameter-Angabe, wäre eine Möglichkeit, quasi ein "Hintertürchen".
Ggf. ein <form> mit <input type=hidden name=bla> und dieses nach dem Abarbeiten durch Javascript (z.B. var xy=gettime(); document.bla.value=xy

mit setTimeout("document.form.submit();",2000); sich selbst abschicken lassen - wohin bestimmst Du mit action="zieldateiname"
Das Timeout ist wichtig, da Javascript als Bestandteil der Seite nicht unbedingt zuerst geladen wird, daß bedeutet, Du stellst damit sicher (2000=2 Sekunden), daß die Seite schon geladen und die enthaltenen Javascripte abgearbeitet sind, ehe Du das Formular schickst.
Zumindest war dies in den 4er und 5er Versionen so.
Du kennst das vielleicht vom Laden einer Seite mit vielen Bildern - welche Bilder zuerst kommen, ist Zufall. Genauso isses mit dem HTML-Code.
preloading lasse ich hier mal aussen vor.
Evtl. mit Javascript Variablen füllen und dann per onclick oder automatisch mit onload, etc. die Seite sich selbst aufrufen lassen.
Damit es nicht zu "Codeastrophen" kommt, gegebenfalls daran denken, für <Noscript> ein paar default-Werte parat zu haben.