Die Kommunikation mit dem Datenbankserver kannst du mit SSL verschlüsseln. Performanceeinbusen halte ich für vertretbar.
Die Datenbank selbst kannst du mit Festplattenverschlüsselung (Truecrypt o.ä.) verschlüsseln. Die Performance könnte darunter leiden, weil Datenbanken ziemlich ausgefuchste Algorithmen verwenden, um Bewegungen des Schreib-/Lesekopfes zu minimieren. Diese Algorithmen wirken natürlich nicht mehr, wenn Daten, die normalerweise im selben Block abgelegt werden, duch die Verschlüsselung auf unterschiedliche Blocks verteilt werden.
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