Dateien, die Klassen und Funktionen bereithalten, sollten diese nicht auch aufrufen. Eben aus genau dem von dir angesprochenen Problem
Kannst du die Funktion nicht einfach auch in deine Datei einbauen, bzw diese auslagern???
IMHO etwas dirty, aber mir fällt spontan folgendes ein:
PHP-Code:
$deineDatei = file_get_contents(functions.php');
preg_match('.., $functionToCall);
eval($functionToCall);